Aneuploidija yra chromosomų anomalija, kuriai būdingas tam tikros rūšies ląstelėje esančių normalaus chromosomų skaičiaus kitimas.
Kalbant apie žmogų, tiriamasis, turintis daugiau ar mažiau chromosomų, laikomas aneuploidu, lyginant su įprastu skaičiumi, kuris yra 46.
Aneuploidija gali paveikti autosomines chromosomas arba lyties chromosomas ir kartais gali sukelti rimtų pasekmių. Vienas iš labiausiai žinomų aneuploidijų yra Dauno sindromas (arba trisomija 21 ), kuriam būdinga ir kita autosominė 21 chromosoma, be dviejų kanonų.