Patogenezė tiria ligos ir su ja susijusią įvykių grandinę, kuri žingsnis po žingsnio lemia pažeistų organų ląstelių ir audinių morfofunkcinius pokyčius. Šiuos pokyčius gali sukelti cheminiai, fiziniai ar biologiniai veiksniai (virusai, bakterijos ir kt.).
Nors etiologija apibrėžia priežastis, patogenezė tiria jo pasekmes.
Todėl skaitydami medicininius tekstus galime susidurti tokiais būdais: mikrobų patogenezė, uždegiminė patogenezė, virusinė patogenezė, piktybinė patogenezė (ligos, paprastai naviko, polinkis palaipsniui pablogėti, kol jis tampa galbūt mirtinas). Daugelis ligų atpažįsta skirtingus priežastinius veiksnius (daugiafunkcinę etiologiją) ir dar daugiau yra būdingi skirtingi evoliuciniai mechanizmai (daugialypė patogenezė).