Marburgo virusas yra pavadintas homonimišku Vokietijos miestu, kuriame jis pirmą kartą pasirodė 1967 m., Kai jis buvo trijų vienalaikių epidemijos protrūkių Vokietijoje (Marburgo ir Frankfurto miestuose) ir buvusios Jugoslavijos (Belgradas) priežastis. Abiejose šalyse Marburgo virusas tikriausiai buvo įvežtas importuojant Ugandos žaliąsias beždžiones ( Cercopithecus aethiops, taip pat žinomas kaip Cercopiteco grigioverde).
Pirmieji atvejai buvo užregistruoti laboratorijoje, glaudžiai susietoje su šiais primatais. Antriniai atvejai buvo susiję su ligoninės darbuotojais ligoninės patalpose, kuriose buvo užsikrėtę užkrėstomis biologinėmis medžiagomis.
Vėliau Pietų Afrikoje, Kenijoje, Kongo Demokratinėje Respublikoje ir Angoloje užfiksuoti sporadiniai epizodai ar tikros epidemijos, iš viso apie 600 atvejų ir 480 mirčių.
