Išmatų pH paprastai yra neutralus arba šiek tiek šarminis (6, 8 - 7, 5). Išmatos, kurios yra rūgštesnės, tik fiziologinės tik naujagimiui, gali rodyti žarnyno infekcijas (Escherichia coli, Rotavirus) arba virškinimo sutrikimus, tokius kaip laktozės ar riebalų netoleravimas (kasos nepakankamumas steatorėja arba tulžies stazė).
Jei išmatų pH yra linkęs pakilti drebiozės atveju, jis linkęs mažėti, kai yra fermentacinė disbiozė, kurios kilmę sukelia per didelis angliavandenių nurijimas arba bloga to paties absorbcija (celiakija)., Net esant dideliam lipidų kiekiui, vegetariškoms dietoms ir ilgai nevalgius, išmatų pH tampa rūgštus.
Siekiant išvengti tyrimo rezultatų iškraipymo, išmatos neturi būti užterštos šlapimu ir turi būti greitai atšaldytos, kad būtų išvengta amoniako šlapimo ir bakterijų, kurios išsiskiria išmatomis, šarminės pH.