Tiksli Marburgo viruso kilmė vis dar nežinoma. Šiuo metu manoma, kad liga, už kurią ji yra atsakinga, gali būti zoonozė, kurią palaiko vienas ar daugiau Afrikos žemyne gyvenančių gyvūnų. Tačiau iki šiol atlikti tyrimai neleido nustatyti natūralaus ligos rezervuaro, nors buvo išanalizuoti daug stuburinių ir nariuotakojų.
Pasak Pasaulio sveikatos organizacijos, žmonės nėra natūralaus viruso ciklo dalis, todėl infekcija iš esmės būtų dėl atsitiktinio kontakto su kitu užkrėstu primatu. Tiesą sakant, perdavimas buvo dokumentuotas per tam tikras beždžionių rūšis, kurios greičiausiai veikia kaip „papildomi svečiai“ Marburgo virusui. Be to, kai kurie įrodymai rodo, kad primatai gali užsikrėsti šikšnosparniais .
