Oficialioje farmakopėjoje pateikiami bendrieji, cheminiai ir biologiniai vertinimo metodai. Tačiau farmakognozija taip pat naudoja daug sudėtingesnius metodus, tokius kaip spektroskopija ir chromatografija.
Vertinant vaistų kokybę cheminiu požiūriu, pastebimas gilinimas, būdingas naudojamų instrumentų analitiniam pajėgumui; kitaip tariant, vaistas yra vertinamas remiantis jame esančių veikliųjų medžiagų kiekiu ir kokybe, kurie yra lemiami analiziškai tiksliai, nes itin tikslūs chromatografiniai prietaisai. Tarp šių chromatografijos metodų: dujų chromatografija, dujų masė, HPLC (kolonėlės skysčių chromatografija), jonų mainų chromatografija ir plokštelės chromatografija (TLC, HPTLC). Tai visos metodikos, kurios naudoja chromografinį principą kiekybiniame cheminių medžiagų, esančių fitokomplexe, vertinime. Todėl šie instrumentai leidžia įvertinti vaistą kaip fitokomplexą, atskirų cheminių medžiagų klasių kiekį ir kokybę, jų santykį ir apibūdinančio veikliojo ingrediento kiekį.
Norint įvertinti fitokomplexą, svarbu priimti tinkamiausias jo ekstrakcijos strategijas, nes nėra analizės metodo, prieš kurį nebuvo atliktas ekstrakcija. Ekstrakcijos yra būtinos vaistininkui-vaistininkui, kad būtų galima įvertinti vaistą arba galiausiai gauti šio vaisto naudojimo elementus, kuriuos galima tiesiogiai patekti į tretinį sektorių. Gavybos metodai leidžia gauti tas veikliųjų medžiagų kategorijas, kurios laikomos svarbiomis kokybiniu narkotikų klasifikavimu, arba pasirinktinai išskirti vieną ar daugiau kategorijų, kurios laikomos jos veiklos išraiška.
Veikliosios medžiagos paprastai yra glikozidų, alkaloidų, terpenų, antrakinonų molekulės; visi antriniai metabolitai, kurie yra organizmo reliacinės biologijos išraiška; vis dėlto yra ir molekulių, atsirandančių dėl pirminio sveikatai svarbaus metabolizmo, pvz., angliavandeniai (krakmolas ir jo dariniai, celiuliozė ir jos dariniai), baltymai ir ypač proteolitiniai fermentai (papainas arba bromelainas).
Prieš pradedant ištraukti veikliąsias medžiagas iš vaisto, būtina atsižvelgti į cheminę - fizinę pastarųjų charakteristiką; kitaip tariant, prieš išskiriant veikliąją medžiagą reikia gerai žinoti jo cheminę prigimtį poliškumo požiūriu, nes ekstrahavimo procesas iš esmės yra sumažintas iki tinkamo tirpiklio susiejimo su vaistu. Šis tirpiklis, kuris yra chemiškai panašus į ištraukiamąjį principą, selektyviai jį pašalina iš likusio fitokomplexo; tuo labiau akcentuojamas šis cheminis afinitetas ir ekstrahavimas („panašus tirpsta panašus“). Todėl, atsižvelgiant į fitocheminį aspektą, būtina žinoti ištraukiamąjį principą, siekiant susieti tirpiklį ar tirpiklių mišinį, su kuriuo jis yra panašesnis.
