Dėl stipraus skrandžio turinio rūgštingumo skrandis yra ypač priešiška aplinka virusams ir bakterijoms. Tik viena rūšis - Helicobacter pylori - gali nuolat išgyventi ir kolonizuoti žmogaus skrandžio gleivinę. Likusioms dalims daugelis nurijusių mikroorganizmų greitai sunaikinami per kelias minutes.
Keletas in vitro atliktų tyrimų parodė, kad dėl plataus ir veiksmingo baktericidinio poveikio pH turi būti ypač mažas. Konkrečiai, 2, 0 arba mažiau pH paprastai žudo visas bakterijas; tačiau toks rūgštingumas skrandyje būna tik esant nevalgius, o po valgio maistas (pagrindinė transporto priemonė, su kuria bakterijos prasiskverbia į skrandį) laikinai padidina pH iki 4-5.
Taip pat reikia atsižvelgti į laiko veiksnį, nes kuo mažesnis pH, tuo mažiau laiko reikia visiškam baktericidiniam poveikiui pasiekti ir atvirkščiai. Tačiau pH, viršijančios 3, 5, baktericidinis poveikis yra labai prastas, o pH, kuris yra didesnis nei 4, turi nulinį baktericidinį poveikį.
Naujausi moksliniai duomenys rodo, kad baktericidinį aktyvumą lemia ne tik skrandžio rūgštingumas, bet ir pepsinas (proteolitinis fermentas, susijęs su baltymų virškinimu). Kai kuriuos antibiotikus taip pat veikia kai kurie skrandžio sulčių fermentai, tokie kaip defensinai ir laktoferinas.
Mikrobų priekyje įvairių mikroorganizmų išlikimas skrandžio sulčių baktericidiniam aktyvumui gali būti palankesnis ryšiui su kai kuriomis maisto sudedamosiomis dalimis; Pavyzdžiui, buvo įrodyta, kad salmonelių virulentiškumas yra gerokai didesnis, kai jis įterpiamas į maisto kanalus su užterštais baltymų maisto produktais (pvz., kiaušiniais ar mėsomis).
Akivaizdu, kad net antacidinių vaistų arba protonų siurblio inhibitorių naudojimas, mažinant skrandžio pH, skatina bakterijų išgyvenimą skrandyje. Be to, didėjant bakterijų kiekiui (nurijus bakterijų skaičius), padidėja ir kai kurių mikroorganizmų tikimybė.
Taip pat reikia atsižvelgti į toksinų ir sporų problemą. Toksinai yra medžiagos, kurias gamina bakterijos arba jų sudedamosios dalys, kurios gali sukelti žalą (apsinuodijimą maistu) net tada, kai bakterija žudoma skrandžio rūgštingumu. Sporos yra ramios formos, kai kai kurios bakterijos pasitraukia, kai aplinkos sąlygos yra nepalankios, bet tada vėl aktyvuojasi, kai tik tai leidžia aplinkybės; Clostridium difficile sporos, pavyzdžiui, viršija skrandžio rūgštingumą nepažeistos ir tada sudygsta skrandyje.
Palyginti su bakterijomis, virusai dažniausiai išgyvena rūgštinę skrandžio aplinką. Nenuostabu, kad virusai, priklausantys Norovirus (Norwalk virusas), Rotavirus, Astrovirus ir Adenovirus, dažnai yra susiję su infekcinių viduriavimo formų atsiradimu (virusiniu gastroenteritu).
