Be individualių apsaugos priemonių ir vežėjo aplinkosaugos kontrolės, vakcinuojant galima išvengti Japonijos encefalito .
Ixiaro vakcina, kurią JAV jau patvirtino FDA (Maisto ir vaistų administracija) ir kurią leido EMEA (Europos vaistų agentūra), švirkščiama į raumenis deltinio raumens srityje (viršutinėje rankoje), 2 dozėmis, antroji - nuo po 4 savaičių. Gerai aktyviai imunizacijai skiepijimo ciklas turi būti baigtas bent savaitę iki galimo kontakto su japonų encefalito virusu.
Japonijos encefalito vakcina rekomenduojama keliautojams, kurie ilgą laiką pasilieka lauke endeminėse vietovėse, tuo laikotarpiu, kai infekcijos perdavimas yra labiau tikėtinas; tačiau jis nėra skirtas asmenims, jaunesniems nei 18 metų, nėščioms ir žindančioms.
